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為了取回失去的一切，他們踏上了尋找擁有強大力量「賢者之石」的旅程 ......

第 23話 鋼之心

傷痕累累的愛德華，意識朦朧地在醫院病床上醒過來。阿爾則是身體幾近半壞的狀態，被放在房間的角落。只差一步就可以得到賢者之石，但怎麼也無法跨出那一步，這件事束縛著愛德的心。而阿爾與 66號交手之後，就一直抱持著某個疑問。

第 24話 回憶的定著

自己的靈魂說不定也是偽造的，被這個疑問所困擾的阿爾，從愛德的面前逃開。茫然佇立於街頭的他，在那裡遇到了伊修瓦爾人的少年兄弟雷歐與利克。阿爾在兄弟倆的帶領下造訪伊修瓦爾的秘密營地，在那他遇見了意想不到的人物。

第 25話 離別的儀式

在第五研究所獲知了賢者之石的真相。不過，愛德華與阿爾決定另尋他法來恢復原本擁有的身體。二人為了追求那個可能性，而決定離開中央市。另一方面，持續調查第五研究所與賢者之石的休斯，最後發現到了某件事實。

第 26話 她的理由

愛德華、阿爾以及溫莉三人來到了機械鎧聖地拉修巴雷。面對街上一排排的機械鎧工作室，溫莉顯得極為興奮。三人在拉修巴雷特有的機械鎧腕力大賽中，遇到了右手腕與雙足都是機械鎧的少女帕妮孃。